Tháng 9 năm 1776, với tình trạng suy giảm sức khỏe đã buộc Hopkins phải từ bỏ chức Quốc hội Lục địa để trở về Rhode Island, tuy nhiên Hopkins vẫn là một thành viên tích cực của đại hội đồng Rhode Island trong suốt những năm 1777 đến năm 1779. Ông mất tại Providenc trong nhà riêng của mình vào ngày 13 tháng 7 năm 1785, ở tuổi 78, và được chôn cất tại Nghĩa trang North Burial Ground cùng thành phố này.[48][49]

Năm 1753, Hopkins đã hỗ trợ thành lập Providence Library Company, ông đồng thời là thành viên của Hiệp hội Triết học Newport.[50][51] Thị trấn Hopkinton của Rhode Island sau này được đặt theo tên ông. Một con tàu lớp tự do mang tên SS Stephen Hopkins đã được đặt theo tên Hopkins để vinh danh ông, đây là con tàu buôn duy nhất của Hoa Kỳ đánh chìm một tàu chiến Hải quân Đức trong Thế chiến II.[16]

Ông cũng có công trong việc thành lập Trường Đại học thuộc địa Rhode Island và các đồn điền Providence của Anh (ngày nay là Đại học Brown) và là người được ủy thác sáng lập. Từ năm 1764 đến năm 1785, Hopkins là hiệu trưởng đầu tiên của trường học này.[52] Nhà Thống đốc Hopkins của ông ban đầu nằm trên góc đường Hopkins và South Main tại Providence, sau khi Hopkins qua đời ngôi nhà này về sau đã được chuyển đi hai lần nằm trên các địa điểm khác nhau của Phố Hopkins. Ngôi nhà này hiện tọa lạc rìa khuôn viên Đại học Brown nằm tại số 15 Phố Hopkins, góc Phố Benefit, và đây là một Di tích Lịch sử Quốc gia Hoa Kỳ.[16]

Ezra Stiles, một mục sư công giáo, trong nhật ký của mình đã viết về Hopkins rằng, "Tôi hiểu rõ về Gov. Hopkins. Ông ấy là một thiên tài sáng suốt, rất tinh tế, mưu mẹo, hấp dẫn và gan dạ." Stiles đề cập thêm về Hopkins là một "con người có tính kiên trì và quyết tâm cao quý" đồng thời là "một nhà ái quốc quang vinh!"[53] Hopkins đã nhận được nhiều lời phê bình tích cực từ nhiều nhà sử học, trong số đó là Sanderson, Arnold và Bicknell, nhưng Richman đơn thuần gọi Hopkins là "chính khách vĩ đại nhất của Rhode Island."[54]